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Flughäfen in Tokyo:
Der Flughafen Haneda an der Tokiobucht südlich des Stadtzentrums diente lange Zeit sowohl dem internationalen als auch dem inländischen Flugverkehr, bis im Jahre 1978 der neue internationale Großflughafen Narita 55 Kilometer östlich des Stadtzentrums in der Präfektur Chiba eröffnet wurde. Auf diesem ist im April 2002 eine zweite Start- und Landebahn in Betrieb genommen worden, die dem Kurz- und Mittelstreckenbetrieb innerhalb Asiens dienen soll. Über den Flughafen Haneda werden heute vorwiegend Inlandsflüge abgewickelt. Auch für den Flughafen Haneda ist eine zweite Landebahn geplant, um der wachsenden Nachfrage nach Inlandflügen nachkommen zu können.

Der Flughafen Narita wird von fast allen internationalen und nationalen Fluggesellschaften angeflogen. Er kann über zwei Bahnlinien erreicht werden. Dies sind der JR Narita Express und die private Keisei-Linie. Der Flughafen Haneda ist durch die Tokyo Monorail an die Yamanote-Linie angebunden.

Mit dem Beginn der Meiji-Zeit zwischen 1868 und 1912 wurde in Japan ein Eisenbahnnetz errichtet, in dessen Zentrum Tokio liegt. Die Stadt ist über Hauptlinien mit allen Teilen des Landes verbunden und ein gut ausgebautes Nebenliniennetz durchzieht das nahe Hinterland. Von den wichtigsten Bahnhöfen der Stadt – Ikebukuro, Shibuya, Shinagawa, Shinjuku, Tōkyō (Hauptbahnhof) und Ueno, in der Nähe befindet sich auch die Ueno-Zoo Monorail – werden täglich mehrere Millionen Pendler befördert. Da die existierenden Hauptverbindungen bald überlastet waren, sind neue Expresslinien (Shinkansen) eröffnet worden. Heute verkehren zwischen Tokio und Fukuoka Hochgeschwindigkeitszüge, die in circa sieben Stunden eine Entfernung von rund 1.070 Kilometern zurücklegen.

Der Hafen von Tokio bildet in der Bucht von Tokio zusammen mit dem Westen von Yokohama und dem Osten von Chiba eine Einheit. 25 Prozent aller Industriegüter werden hier weltweit verschifft. Der jährliche Güterumschlag beträgt damit über 360 Millionen Tonnen. Die meisten Industrien sind am Hafen angesiedelt, was die rasche Expansion der baulichen Maßnahmen erklärt.

Die Modernisierung des Straßennetzes der Stadt gestaltete sich besonders schwierig, da die Straßen der alten Stadt Edo sehr eng und gewunden und für den Autoverkehr völlig ungeeignet waren. Vor den Olympischen Spielen, die im Jahre 1964 in Tokio stattfanden, wurden jedoch strahlenförmig vom Stadtzentrum ausgehende Hauptverkehrsstraßen und Stadtautobahnen gebaut. Sie verbinden das Zentrum Tokios mit acht neuen Ringstraßen.

Seit den 1960er Jahren ist der private Autoverkehr allmählich zugunsten des öffentlichen Busverkehrs reduziert worden. Der Straßenverkehr wird auch heute noch durch die meist engen Straßen und die fehlenden Parkplätze eingeschränkt.

Seit der Eröffnung des ersten Streckenabschnitts der U-Bahn Tokio am 30. Dezember 1927 entstand ein Netz mit zwölf Linien und einer Gesamtlänge von 292,6 Kilometern, eines der größten der Welt. Für das Jahr 2007 ist die Inbetriebnahme einer weiteren Linie mit einer Länge von 8,9 Kilometern geplant.

Die U-Bahn von Tokio ist eine der am stärksten in Anspruch genommene U-Bahnen der Welt. Im Unterschied zu den meisten Metros anderer Städte werden auf den verschiedenen Linien der Tokioter U-Bahn Fahrzeuge mit verschiedenen Spurweiten, Stromabnehmersystemen und Spannungen eingesetzt, sodass diese Fahrzeuge jeweils nur auf ihren Linien verkehren können. Die U-Bahn wird von zwei Betrieben geleitet, der Tokyo Metro und der Toei (Verkehrsamt der Präfektur Tokio).

Die Stadt ist auch von einem dichten Netz von S-Bahnen der Japan Railways und privaten Vorortbahnen wie der Keio-Linie und der Odakyu-Linie durchzogen. Wichtigste S-Bahnen sind die Yamanote-Linie und die Chuo-Linie.

Der öffentliche Verkehr wird außerdem von städtischen und privaten Bussen sowie einer Straßenbahnlinie und diversen alternativen Schienensystemen wie der Yurikamome bewältigt. Über 80 Prozent der beförderten Personen werden in Tokio mit dem Bahnnetz befördert. Trotzdem gibt es in Tokio aufgrund des hohen Verkehrsaufkommens noch große Probleme.